کاربرد روش RFLP یا Restriction Fragment Length Polymorphism در مطالعات آزمایشگاهی مولکولی زیست فناوری دریا
ماده ژنتیک موجودات زنده به طور طبیعی دارای
تفاوتهائی از نظر توالی اسدهای نوکلئیک (بازها) میباشد. این تغییرات که باعث تنوع
در افراد یک جمعیت میشود چندشکلی ژنتیکی (یا پلیمورفیسم) نام دارد. اگر این
پلی مورفیسم در ردیف بازهای DNA در جایگاه شناسائی آنزیمهای محدودکننده ایجاد شده باشند به راحتی
قابل ردیابی است. تکنیک آنالیز RFLP از
آنزیم های محدود کننده باکتریایی استفاده میکند که میتواند به DNA در نواحی تشخیصی بسیار اختصاصی که حدود 6-4 باز
دارند متصل شده و مولکول DNA را
قطعه قطعه کند، در واقع هر جای یک قطعه DNA که دارای توالی اختصاصی مورد اشاره باشد توسط این آنزیم بریده
میشود. آنزیمهای محدود کننده بسیاری وجود دارند که هرکدام دارای ناحیه تشخیصی ویژه
هستند.
از نظر تئوری، تنوع موجود در جایگاه شناسایی آنزیمهای محدود کننده در ژنوم قابل بررسی است به این ترتیب که تمام ژنوم توسط یک آنزیم محدود کننده هضم شده و قطعات حاصل توسط الکتروفورز روی ژل مورد مطالعه قرار میگیرند؛ البته به دلیل ازدیاد این جایگاهها، تعداد قطعات بوجودآمده بسیار زیاد هستند به همین دلیل قطعات حاصل از هضم ژنوم، توسط ژل الکتروفورز جداسازی میشود. در ادامه پلیمورفیسمهای موجود در یک ژن خاص توسط پروبها (کاوشگر) مختص همان ژن که توسط مواد رادیواکتیو نشان دار شدهاند شناسایی میشود. این روش کمک میکند تا بتوان هر لوکوس (جایگاه ژنی) را به صورت مجزا مطالعه کرد و روش خوبی برای مطالعه تنوعها در نقطه خاصی از یک ژن میباشد. تکنیک RFLP برای غربال کردن و پیدا نمودن حاملین نقصهای ژنتیکی نیز به کار گرفته میشود. گاهی اوقات می توان چندین لوکوس را بطور همزمان غربال کرد مثلاً برای تولید اثر انگشت ژنتیکی برای تشخیص افراد موردنظر میتوان این روش را به کار برد.
آنالیز RFLP مجازی یا RFLP شبیهسازی شده در محیط کامپیوتر یک روش مولکولی است که در محیط in silico (محیط کامپیوتری) انجام میشود و به عنوان یک روش جایگزین در تشخیص و طبقهبندی فیتوپلاسماها (انواعی از باکتریهای بیماریزای گیاهان به صورت انگل داخلی)، گونههای شبه مایکوپلاسما و غیره به خصوص در مواقعی که استفاده از RFLP معمولی با چالش همراه است، کاربرد دارد. در این روش با آنالیز محصولات 16S rDNA حاصل از تقلید عمل هضم با آنزیمهای محدود کننده و الکتروفورز روی ژل در محیط کامپیوتری، امکان شناسایی سویههای مختلف فیتوپلاسما فراهم میشود. به طور کلی این روش در بررسیهای فیلوژنیک عوامل بیماریهای گیاهی کاربرد دارد.