ماده ژنتیک موجودات زنده به طور طبیعی دارای
تفاوتهائی از نظر توالی اسدهای نوکلئیک (بازها) میباشد. این تغییرات که باعث تنوع
در افراد یک جمعیت میشود چندشکلی ژنتیکی (یا پلیمورفیسم) نام دارد. اگر این
پلی مورفیسم در ردیف بازهای DNA در جایگاه شناسائی آنزیمهای محدودکننده ایجاد شده باشند به راحتی
قابل ردیابی است. تکنیک آنالیز RFLP از
آنزیم های محدود کننده باکتریایی استفاده میکند که میتواند به DNA در نواحی تشخیصی بسیار اختصاصی که حدود 6-4 باز
دارند متصل شده و مولکول DNA را
قطعه قطعه کند، در واقع هر جای یک قطعه DNA که دارای توالی اختصاصی مورد اشاره باشد توسط این آنزیم بریده
میشود. آنزیمهای محدود کننده بسیاری وجود دارند که هرکدام دارای ناحیه تشخیصی ویژه
هستند.